Eesti Heliloojate Liidu olulisemad otsused võtab vastu juhatus.
Juhatuse koosseis on järgmine (valitud 17. juunil 2026):

Märt-Matis Lill – esimees
Kerri Kotta
Olav Ehala
Tatjana Kozlova-Johannes
Timo Steiner
Helena Tulve
Kristjan Randalu
Liisa Hõbepappel
Liisa Hirsch
Lauri Jõeleht

Revisjonikomisjon